El espacio necesario para el almacenamiento de piezas prefabricadas depende del tamaño de dique, del clima marítimo (paradas de invernada) y del plazo de ejecución de la obra. Una vez definidos los equipos de fabricación y de colocación en obra, se debe diseñar un parque de fabricación y acopio que permita almacenar las piezas necesarias para independizar el proceso de fabricación del de colocación sin cuellos de botella logísticos, reduciendo costes y maniobras.

La forma cúbica de Cubipod permite el diseño de zonas de acopio muy compactas con hasta 5 alturas de piezas almacenadas (las piezas bulky sólo se acopian en 1 o 2 alturas). Se podría aumentar el número de alturas en función de la capacidad resistente del terreno. Como regla general, se tiende a sistemas de acopio con la mínima porosidad global; los parques de bloques cúbicos pueden tener un 20% de porosidad global y los cubipods pueden acopiarse desde en un sistema cerrado con porosidad del 30% hasta en uno abierto con porosidad del 50%.

Para comenzar con el acopio de cubipods, después de nivelar ligeramente el terreno, basta con excavar en él pequeños agujeros o surcos que alojarán la protuberancia inferior de la primera altura de cubipods, de forma que sea la base del cubo central de los mismos la que contacte con el terreno.

Los cubipods se manipulan y acopian con pinzas de presión dobles manipuladas por una grúa, un camión con pluma o un puente móvil, en función de los rendimientos necesarios y el tamaño de las piezas. Este último sería recomendable si la producción es elevada debido a que proporciona una mayor rapidez, seguridad y flexibilidad de las operaciones